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日期：2019-12-03 来历：本站 供稿：大众卫生处 作者：治理员 种别：自力撰写
初期研究认为肿瘤中年夜量扩增的原癌基因存于在染色体上。2017年，来自美国加州年夜学圣迭戈分校的Paul Mischel传授团队于Nature 杂志上指出，它们因此染色体外DNA（extrachromosomal DNA，ecDNA）的情势存于的，但ecDNA的布局及功效一直缺少直接的证据。 2019年11月21日，Paul Mischel传授团队再次于Nature杂志上发表了题为“Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression”的文章，该研究初次解析了ecDNA的布局与功效。研究团队使用超微布局电子显微镜、长途光学作图、全基因组测序、计较机阐发等技能论述了ecDNA的四年夜特色。一是环状布局。研究团队起首联合二代全基因组测序及光学匹配（optical mapping），从序列的角度发明，扩增出来的ecDNA形成为了环状布局。进一步利用影像学的要领，包括扫描电镜、透射电镜、3D布局照较着微镜等要领，得到了环状DNA的清楚图片证据，终极证明了肿瘤中的ecDNA确凿是环状的。二是年夜量表达癌基因。研究团队发明ecDNA携带的基因是癌症基因组中表达最高的基因之一，ecDNA编码的癌基因表达量位居癌基因组前1%。三是高度开放的染色质。研究团队利用了ChIP-seq及免疫荧光技能，证明了ecDNA一样具备染色质布局，由核小体单位组成，同时也证明ecDNA含有加强子与启动子的组卵白润色（H3K4me1/3，H3K27ac），但却缺少按捺性组卵白润色，如H3K9me3与H3K27me3。经由过程ATAC-seq，MNase-seq，以和ATAC三木SEO--see，研究团队进一步发明，ecDNA的染色质是高度开放的，进一步注释了为什么ecDNA上的癌基因可以或许年夜量表达。四是ecDNA的环状布局可介导超远间隔彼此作用。研究团队利用染色质构象捕捉和测序技能，PLAC-seq（或者者叫Hi-ChIP，一种信息简并的Hi-C技能）及4C-seq，以和CTCF与SMC3的ChIP-seq，证明了ecDNA染色质也能形成三维布局，而且存于拓扑相干布局域。同时，因为ecDNA形成为了环状布局，远处的DNA元件，就被带到了近处，从而实现了超远间隔的彼此作用。而这类超远间隔的彼此作用，还有可能形成为了新的基因调控回路。-三木SEO-